Santoña ha sido a lo largo de la Historia un enclave de gran valor estratégico; esta importancia llegó al máximo en la Epoca Moderna, cuando la navegación se efectuaba a vela y la falta de recursos técnicos obligaba a seguir derrotas costeras. Nuestra villa se constituía de esta manera en un punto situado entre puertos como Vigo, Ferrol, Santander, Bilbao, Pasajes o San Sebastián, es decir, puente entre el Cantábrico occidental y el oriental. Su disposición casi insular y sus excelentes fondeaderos capaces para grandes armadas, el de El Fraile y el interior del abra, la convertían en un objetivo militar de primer orden.
Sin embargo, no sería hasta el siglo XVIII cuando la Corona Española tomó conciencia de este hecho y comenzó a ejecutar diversos proyectos de fortificación de la villa. Pero la Bahía ya había pagado un duro tributo, sufriendo en 1639 el asalto de la armada al mando del Arzobispo de Burdeos que arrasó Santoña y Laredo y en 1719 de una flota anglo-francesa que destruyó el astillero donde se construían tres navíos de guerra, situado en el actual Pasaje y que estaba mal protegido por dos baterías artilleras, las de San Miguel y Nuestra Señora.
La intención de Felipe V era establecer en Santoña un astillero permanente para la botadura de las principales unidades de la Marina Real, como se puede apreciar en este plano cuyo original está depositado en el Servicio Histórico Militar de Madrid. Por ello se encargó al ingeniero Próspero Verboom la redacción de un ambicioso proyecto de fortificación de toda la villa en 1726. Su plan consistía en aislar toda la península mediante una trinchera con tres baluartes artillados a lo largo del itsmo, y defender la entrada a la canal ampliando las baterías de San Martín y San Carlos (construidas en el siglo XVII) y levantando dos fortificaciones más: una junto al astillero, en la punta de Hernán García, y otra en el Puntal (que en gran parte pertenecía a Santoña en aquella época). Sin embargo, el traslado del astillero a Guarnizo hizo que este proyecto no se ejecutara.