El territorio que hoy abarca el municipio de Santoña ha sido habitado desde la antigüedad. En las inmediaciones de la iglesia parroquial han aparecido diversos materiales pertenecientes a la Edad de Bronce (Siglo IV-I a.c.).

Las primeras referencias escritas nos hablan de la existencia del Monasterio de Santa María del Puerto, que llegó a tener gran poder desde el siglo X hasta el XII. En el siglo XIII, los favores reales que Alfonso VIII otorgó a otras villas de Cantabria en la descarga exclusiva y comercio de los productos pesqueros disminuyen ese poder.

En la Edad Media, Santoña es una villa en que la exiten buenos astilleros y viven buenos navegantes, como Juan de la Cosa, codescubridor de las Américas en 1492 y autor del primer mapamundi en 1500.

En 1705 Santoña se independiza de Laredo obteniendo el título de villa. Poco después, la Corona construye un astillero de naves de guerra. Durante la Guerra de la Independencia es invadida por las tropas francesas, que se hacen fuertes en ella, llegando a ser la última plaza de todo el Cantábrico en ser abandonada por las tropas.

A mediados del Siglo XIX se construyen fortalezas y se configura el actual trazado urbano de la villa, empujado por diversos gremios, entre los que destacan los industriales de la conserva y el salazón. A finales de este siglo, en esta villa fue donde se comenzaron a comercializar las anchoas en aceite.

Partiendo de la anchoa en salazón, mediante unos sencillos procesos, y con cobertura de mantequilla, se llegó a lo denominado en aquellos tiempos "El Gran Bocado". Nacía así lo que más tarde se convertiría en una importante industria en la costa cantábrica, pasando a ser Santoña el lugar del mundo con mayor concentración de fábricas de filetes de anchoa en aceite, a la vez que se mantiene como la localidad con mayor fama mundial en su elaboración.